Gjennomgått flere ombygginger
Stavkirken har gjennomgått flere reparasjoner og ombygginger. I 1633 ble det stavbygde koret revet og nytt kor ble laftet opp. Nytt dåpskor ble bygd mot vest og vinduer satt inn. Koret ble dekorert med veggmalerier med motiver fra Bibelen. I tiåret etter ble skip og dåpskor dekorert med akantusranker. Sogneprest (og sagbrukseier) Hr. Anders Eriksen (1603-62), bekostet disse arbeidene selv.
I privat eie
Kongen solgte kirken i 1725 og den var i privat eie fram til 1872, da sognet kjøpte den. Ny kirke ble bygd på Kvernes i 1893. Fortidsminneforeningen kjøpte den i 1896 like før den skulle rives.
Yngre stavkirke
Stavkirken på Kvernes er en av de yngre stavkirkene. Den inngår i Møretypen som karakteriseres av lange vegger med flere staver. I motsetning til denne hadde de eldste stavkirkene en mer kvadratisk grunnflate med staver i hjørnene. De hadde også svalganger rundt kirken som fungerte som oppstøting av bygningen.
Værutsatt plassering
Man antar at Møretypen ikke har hatt svalganger, men at de fra begynnelsen er støttet opp ved skårder. Den sentrale og værutsatte plasseringen har kanskje tvunget dette fram som en naturlig løsning.
Middelalderens kirkesteder
Vi antar at det ble bygd kirke på Kvernes på 1000 tallet, eller senest ved etableringen sognekirkeordning på midten av 1100 tallet og at stavkirken erstattet en eldre kirke på 1300 tallet. Arkeologisk undersøkelser på middelalderens kirkesteder viser ofte at det har stått en mindre trekirke på stedene forut for de kirkene som står der i dag.
Plassert på steder med verdslig makt
Arkeologiske undersøkelser og bevarte gravfelt vitner om at middelalderens kirkesteder oftest ligger på gårder som også har hatt religiøse funksjoner og verdslig makt i yngre jernalder. Kvernes er en stor gård med god matjord og en sentral plassering ved leia. Gravfeltene, tingkretsen, fallossteinen, stedsnavn som Lunden, m.m. viser at gården må regnes som en sentral gård i jernalderen.
Kontinuitet som religionssenter
Mindre arkeologiske undersøkelser vitner om eldre bosettingsspor ved kirkene og i den dyrka marka rundt kirkestedet. I yngre jernalderen var den verdslige og den religiøse makten sammenvevd. Ved å etablere Kirkestedet ble det på Kvernes kontinuitet i stedets religiøse funksjon, selv med skifte i religion. Den verdslige makten var i starten en garantist for kirken, og kirken medførte på sin side at gården fortsatt fikk en sentral plass som samlingssted.
Det stavbygde hovedskipet måler 16 x 7, 5 meter, med et laftet kor på 7 x 7,5 meter.