Eigentleg var det sanatorium for tuberkuløse han hadde tenkt å byggja, lækjaren Håkon Philip Fretheim, då han fekk sett opp den fyrste bygningen på Vatnahalsen i 1896. Men Bergensbaneanlegget gjekk for fullt, og ein trong for standsmessig losjering av administrativt personell – dermed vart det hotell i staden.
Etter at bana opna, auka trafikken, og hotellet vart utvida alt i 1909. Det vart innlagt elektrisitet, her var telefonstasjon, og Vatnahalsen hotell vart etter kvart eit populært høgfjellshotell. Med aukande påsketrafikk i 1930-åra vart det naudsynt med ny ombygging og modernisering i 1935-36, mellom anna med varmt og kaldt vatn på ein del av romma.
Då krigen braut ut, vart hotellet okkupert av tyskarane. Jonsokaftan 1940 hadde dei fest, var uforsiktige med varmen, og bygningen brann ned til grunnen. Nytt hotell vart bygt opp att på same staden i 1953-54.
I dag er sesongen frå mai til september. Syklistar, cruiseturistar på dagsbesøk og turistar frå «Norway in a nutshell»-opplegget er dei største gjestegruppene.