I 1426 ble klosteret overtatt av birgittinerne. I 1455 ble det herjet av tyskerne, som satte fyr på både kirken og klosterbygningene da de drepte Olav Nilsson, den norske høvedsmannen på Bergenhus som hadde flyktet inn i kirken. Kirken ble gjenreist og fungerte i kort tid som byens domkirke, før fransiskanerkirken i Vågsbotn ble domkirke i 1536. Kirken ble antakelig påbegynt allerede i Øystein Magnussons tid (før 1123) og må ha vært en av de staseligste kirkebygninger i Bergen.
Jonsklosteret lå ovenfor Strandgaten, i området mellom Strandgaten og plassen foran Tinghuset. Det var et augustinerkloster, antakelig grunnlagt i andre halvdel av 1100-årene. Ingen rester av klosterbygningen er bevart.