Det var utstillingskomiteens formann, konsul Gram Parelius som tok initiativet til innkalling av den første museumskomite, og som derved må kunne sies å være museets stifter.
Flere pengebidrag kom inn til etableringen av museet, og det ble bestemt å kjøpe inn den 130 m2 store Paviljongen som ble benyttet under fiskeriutstillingen fra firmaet M. Thams & Co, til dette formålet. Man tok deretter kontakt med kommunen hvor man ba kommunen avstå tomt til museet, og da denne ble gitt i 1893, gikk man i gang med å få flyttet paviljongen til tomten, syd for Skolegaten, og vest for kirken på Lyhshaugen. 6. mai 1894 kunne flagget heises ved museets nye paviljong i Skolegaten.
Museet ble i tiden som gikk styrt av en museumskomite, ledet av Gram Parelius som formann og drivende kraft frem til et møte den 8. april 1903, hvor komiteen besluttet å stifte en forening som skulle ta seg av samlingen, samt føre arbeidet med museet videre. Komiteen gikk så i gang med å tegne medlemmer til den nye foreningen, og 15. mai 1904 ble det avholdt et konstituerende møte i Museumsforeningen. Gram Parelius ble valgt til formann og konsul Edv. Werring fortsatte som kasserer. Det nye styret ble slik: konsul Gram Parelius, kjøpmann Arne Arnesen, ingeniør Th. Volckmar, kjøpmann M. H. Astrup og dr. Trumpy. Museet hadde da 107 årsbetalende og 8 livsvarige medlemmer.
Senere ble adjunktene Olaf Yderstad og Wilhelm Lund ansatt som ledere av henholdsvis den naturhistoriske og den kulturhistoriske avdelingen i 1907. Da Wilhelm Lund begynte ved Katedralskolen i Trondheim i 1912, tok Olaf Yderstad over begge avdelingene.
Museet fikk med tiden flere nye bygninger. Disse var blant annet Flyumstabburet og Almskårstua, og ved velvilje fra Formannskapet og stadsingeniøren ble disse satt opp på en tomt i Clausenenga, vest for den prosjekterte idrettsplassen. Senere da kommunen viste sin interesse for museets tomt i Skolegata, ble det inngått en makeskifte-kontrakt mellom partene, hvor Kommunen 12. desember 1913 vedtok makeskiftet, etterfulgt av museet den 20. juli 1914. Den nye tomten var på 6420m2, og ble dermed 5100 m2 større enn den i Skolegaten.
Ønske om nytt museumsbygg dukker så opp rundt 1915, og planleggingen av et nybygg tar til. På styremøtet 20. februar 1932 blir det vedtatt at museets nærmeste oppgave fremover er å få reist et nytt museumsbygg. Flere forslag rundt tomt og nybygg kommer i de neste årene, men i februar 1940 er tomtevalg ennå ikke helt avklart, og de fleste var uvitende om den kommende katastrofen som skulle ramme også museet.
I april dagene 1940 kom tyske fly inn over byen og museet fikk ødelagt sin bygning og det meste av samlingen sin, med unntak av det som var lokalisert på Clausenenga. Etter krigen kom tomtevalget opp igjen etter en tid, og ettersom kommunen var interessert i tomten på Clausenenga til boligformål fikk man 1. oktober 1956 en forespørsel fra bygningssjefen om museet kunne tenke seg tomten i det nye Folkeparkområdet i Knudtzondalen, noe museumsstyret gikk med på i sitt svar til kommunen allerede 4. oktober 1956. Mai 1958 ble det inngått nytt makeskifte av eiendommen i Clausenenga og Knudtzondalen. Tegninger ble utarbeidet, og i mai 1959 kunne arbeidet med nytt museumsbygg i Knudtzondalen ta til.
Sommeren 1961 var nybygget ferdig, og Kristiansund Museum hadde nå fått et nytt bygg i Kristiansund.