På 1500-talet ble Mulelven i Sandviken grense mellom byen og landdistriktet, samtidig som Lungegården ikke lenger lå innenfor bygrensene. På 16- og 1700-talet ble vestre Sydnes (Møhlenpris, 1670) og østre Sydnes (Nygård, 1727) utskilt fra byen. Det var således et adskillig mindre Bergen som fikk fastlagt sine grenser i 1789 enn i 1276. De tapte områdene utgjorde to særskilte distrikt: Korskirkens landsogn (Sandviken) og Domkirkens landsogn (Lungegården, Kalfaret, Nubben, Nygård, Møhlenpris), som ble innlemmet i Bergen i 1877.
Storkommune
På 1900-tallet har byen vokst ved en rekke utvidelser: først ved innlemmelsen av Årstad herred i 1915, Gyldenpris 1921, Fyllingsdalen 1955, og endelig den siste store byutvidelsen, da Arna, Fana, Laksevåg og Åsane ble sammensluttet med Bergen i 1972. Samtidig ble Bergen en del av Hordaland fylke, etter tidligere å ha vært selvstendig fylke.
Stadnamn i Bergen
Namnet Bergen er ein klassikar i namnetolkinga: av gno. Bjorgvin som tyder «sletta mellom fjella». Sisteleddet i Årstadgeilen er geil «trong gate». Alvøen, ei bergensk form av Alvøyna, har gno. alfr «grus» som førsteledd, lik Ulven i Os. Damsgård har namn etter rådmann Dam Tønnessen ikring 1700. Det eldre namnet på garden er Hásteinar «høge steinar».
Laksevåg må ha namn etter det gode laksefisket i vika der. Milde, i målføret Midlo, er samansett med eit ord som tyder «sand, grus» og vin «naturleg eng», medan Fana er i slekt med gno. fen «myrlende, dike». Det kjende utsiktspunktet Fløyen på Fløyfjellet har namn etter ein fløy «vêrhane» som har stått der.